Depois de anos escondidos do mundo dos humanos, os irmãos Tartaruga partem à conquista dos corações dos Nova Iorquinos, na tentativa de serem aceites como adolescentes normais com os seus atos heroicos. A sua nova amiga April O’Neil irá ajudá-los a derrubar uma misteriosa organização criminosa, mas rapidamente percebem que poderá ser demais, quando um exército de mutantes é destacado para os perseguir.